RAB6B是肝细胞癌潜在的预后标志物，并与肿瘤免疫微环境重塑相关

基本信息

英文标题：RAB6B is a potential prognostic marker and correlated with the remolding of tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma.

中文标题：RAB6B是肝细胞癌潜在的预后标志物，并与肿瘤免疫微环境重塑相关

发表期刊：《Frontiers in Pharmacology》

影响因子：5.6

作者单位：东南大学医学院、连云港市第二人民医院(连云港肿瘤医院)、邢台市癌症控制研究所等

作者信息：Hao Peng，Erwei Zhu，Jitao Wang，Xuanlong Du，Chonggao Wang，Meng Yang，Yewei Zhang.

研究背景

肝细胞癌(HCC)是原发性肝癌中最常见和致死率较高的类型。

Ras相关结合蛋白(Rab)蛋白家族是Ras超家族小GTP酶中最大的家族，主要参与膜运输过程。

RAB6B是Rab GTP酶家族的成员，在多种肿瘤中表现出调控异常。

目前，RAB6B在HCC中的临床意义及其与免疫细胞和基质浸润的相关性尚不明确。

研究方法

使用TIMER、HCCDB、UALCAN和HPA数据库检查了HCC中RAB6B mRNA和蛋白的表达。

通过cBioPortal和COSMIC数据库分析了RAB6B的遗传变异。

利用TIMER、TISIDB和GEPIA数据库探索了RAB6B与肿瘤浸润免疫细胞和癌症相关成纤维细胞之间的相关性。

基于LinkedOmics研究了RAB6B的共表达网络。

通过GDSC和CTRP数据库分析了药物的敏感性。

在HCC细胞系中用siRNA敲低RAB6B。

通过EdU实验检测细胞的增殖能力，使用流式细胞术比较细胞凋亡能力的差异，以及使用MTT评估体外药物敏感性。

实验结果

图1：展示了RAB6B在HCC组织中的表达水平。

TIMER2.0数据库显示，RAB6B在肝细胞癌(LIHC)组织中表达上调，差异具有统计学意义(*p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001)。

HCCDB数据库中的六个HCC队列表明，与邻近的肝脏组织相比，RAB6B在HCC组织中高度表达。

UALCAN数据库表明，与正常肝脏组织相比，HCC组织中的RAB6B mRNA表达水平增加，差异具有统计学意义(***p < 0.001)。

TCGA数据库表明，50例HCC组织中的RAB6B表达水平高于其配对的邻近正常肝脏组织，差异具有统计学意义(***p < 0.001)。

CPTAC数据集中的结果表明，HCC组织中的RAB6B蛋白水平高于正常组织，差异具有统计学意义(***p < 0.001)。

HPA数据库中的免疫组化(IHC)图像显示，RAB6B在HCC组织(右侧图像)中的表达高于正常肝脏组织(左侧图像)。

盒形图表明，RAB6B的表达与HCC患者的T期显著相关(*p < 0.05，ns = 无显著性)。

盒形图显示，RAB6B的表达与组织学分级相关(**p < 0.01)。

表格1：RAB6B表达与TCGA数据库中HCC患者临床特征的相关性。

RAB6B的表达与患者的年龄无显著相关性(P值0.4771)。

RAB6B的表达与性别无显著相关性(P值0.1847)。

RAB6B的表达与AFP水平无显著相关性(P值0.2226)。

RAB6B的表达与肿瘤分期(I、II、III、IV期)有关，但仅与II期有关(P值0.0337)。

RAB6B的表达与T分期(T1、T2、T3、T4)有关，但仅与T1期有关(P值0.0211)。

RAB6B的表达与M分期(M0、M1)无显著相关性(P值1)。

RAB6B的表达与N分期(N0、N1)无显著相关性(P值0.67)。

RAB6B的表达与肿瘤分级(G1、G2、G3、G4)无显著相关性(P值0.089)。

图2：展示了RAB6B在HCC患者中的预后和诊断价值。

Kaplan-Meier生存分析显示，与低RAB6B表达的患者相比，高RAB6B表达的患者总体生存期(OS)和疾病特异性生存期(DSS)均较短(A和B)。

单因素COX分析揭示，T分期、M分期和RAB6B表达是影响HCC患者生存率的显著因素(C)。

多因素COX分析表明，T分期和RAB6B表达是HCC患者中独立的预后因素(D)。

ROC曲线用于评估高RAB6B水平对HCC患者的诊断价值(E)。

时间依赖性生存ROC曲线分析用于预测1年、3年和5年的生存率(F)。

结合临床病理特征和RAB6B水平的Nomogram被构建，用于预测TCGA数据集中1年、3年和5年的预后概率(G)。

图3：展示了HCC中RAB6B突变的景观。

通过cBioPortal数据库，可以了解HCC中RAB6B的遗传变异情况。

TCGA数据显示了RAB6B在HCC中的突变频率。

RAB6B的拷贝数与mRNA表达之间存在相关性。

RAB6B突变在HCC中涉及多个蛋白质域。

直方图和饼图展示了HCC中RAB6B突变的分布情况。

图4：展示了RAB6B表达与HCC中肿瘤浸润免疫细胞的相关性。

RAB6B表达与HCC患者的免疫评分、基质评分和估计评分呈正相关。

RAB6B表达与HCC中浸润的免疫细胞数量相关。

RAB6B表达与HCC中不同类型的免疫细胞存在关联。

RAB6B表达与HCC中的免疫亚型有关。

RAB6B表达与HCC中的分子亚型有关。

RAB6B表达与HCC中巨噬细胞、中性粒细胞和髓源性抑制细胞的丰度相关，且这些细胞与患者的生存率有关。

图5：展示了RAB6B表达与免疫相关分子和细胞的关系。

RAB6B在CD8+T细胞中富集。

RAB6B表达与多种免疫检查点分子正相关。

RAB6B表达与TGFB1和IL10正相关。

RAB6B与多种免疫相关分子、细胞因子和受体相关。

RAB6B表达与Treg细胞、MDSC和M2巨噬细胞浸润正相关，与M1巨噬细胞浸润负相关。

图6：展示了RAB6B相关基因的功能富集分析。

河图显示了与RAB6B共表达的HCC基因的轮廓，包括高表达和低表达的基因。

热图展示了与RAB6B表达正相关和负相关的基因，揭示了RAB6B在HCC中的调控网络。

KEGG分析揭示了HCC中RAB6B共表达基因的功能通路，可能涉及细胞信号传导、代谢、肿瘤发生等。

GO分析从生物过程、细胞组分分子功能等多个角度对RAB6B共表达基因进行功能富集，提供了对RAB6B功能影响的多维度理解。

图7：展示了癌相关成纤维细胞(CAF)浸润与RAB6B表达在HCC中的相关性。

RAB6B的表达与HCC中CAF的浸润水平正相关。

RAB6B的表达与CAF的多个标记物以及胶原蛋白相关蛋白的表达正相关。

RAB6B的上调与胶原蛋白的形成和细胞外基质组织的基因集富集相关。

通过HCCDB数据库构建了RAB6B的蛋白质互作网络，这可能揭示了RAB6B在HCC发展中的潜在作用机制。

图8：展示了RAB6B表达与药物反应的相关性。

RAB6B mRNA表达与GDSC和CTRP数据库中列出的前30种药物的敏感性相关。

该分析可能揭示了RAB6B表达水平与癌症对多种药物治疗的反应之间的关系。

通过点图展示，可以观察到RAB6B mRNA表达水平与药物敏感性之间的潜在联系。

图9：展示了敲低RAB6B对HCC细胞增殖、凋亡和药物敏感性的影响。

qRT-PCR实验表明，不同HCC细胞系中存在RAB6B mRNA表达。

使用siRNA转染HCC细胞后，RAB6B的表达被有效敲低。

敲低RAB6B后，HCC细胞的增殖被抑制。

敲低RAB6B也导致HCC细胞的凋亡增加。

敲低RAB6B的HCC细胞对顺铂的敏感性增加。

所有实验结果都展示了统计学显著性，其中p值小于0.05、0.01和0.001分别表示统计学差异显著。

研究结论

RAB6B在肝细胞癌(HCC)组织中高表达。

RAB6B高表达与肝细胞癌患者的预后不良相关。

RAB6B通过招募免疫细胞和诱导CD8+T细胞疲劳，促进免疫抑制微环境的形成。

对RAB6B的基因组变异、功能富集和潜在靶向药物进行了分析。

体外实验证明敲除RAB6B能够抑制肿瘤细胞增殖、促进细胞凋亡，并提高对顺铂的敏感性。